"Małdyty" - po raz pierwszy wymieniona w dokumencie z 1350r. jako "Maudithen". Miejscowość ta jest niewątpliwie o wiele starsza i sięga swym początkiem okresu przedkrzyżackiego. Jej nazwa wywodzi się od Prusa imieniem "Maudyc" lub od roślin zwanej po litewsku "mauda" (cykuta). Okoła 1400r. Małdyty były folwarkiem zakonnym, do którego należały zapewne jeszcze inne pertynencje. Po wojnie trzynastoletniej dobra małdycie otrzymali na prawie magdeburskim zaciężnicy von Schliebenowie. W roku 1648 Fryderyk von Schlieben, starosta tylżycki sprzedał dobra von Houwaldtowi za 5000 florehów polskich. Obejmowały ona wówczas Małdyty, wieś Zajezierze, folwark Fiugajki i młyn wodny Czulpę. W dobie dyliżansu pocztowego Małdyty były ważnym węzłem ruchu osobowego. Tu rozwidlały się trakty w różnych kierunkach: do Morąga, Miłomłyna i Ostródy, do Pasłęka i Elbląga oraz do Zalewa. Duże udogodnienie transportu towarów przyniosło ukończenie w 1860r. budowy kanału elbląskiego.
W XIXw. do dóbr małdyckich należały również folwarki Górka i Sople, a około 1900r. ogólny obszar tych dóbr wynosił 1786 ha w tym 283 ha lasu.
W 1914r. dobra znalazły się w posiadaniu Towarzystwa Rolnego (Landgese Ilschaft), które w okresie międzywojennym rozparcelowało je na gospodarstwa chłopskie:
- w 1782 r. Małdyty liczyły 5 dymów,
- w 1818 r. Małdyty liczyły 7 dymów i 53 mieszkańców,
- w 1858 r. Małdyty liczyły 11 dymów i 182 mieszkańców,
- w 1939 r. Małdyty należały do gm. Zajezierze, która liczyła 775 mieszkańców.
Największy wkład w rozwój miejscowości wniósł von Houwaldt.
Gmina Małdyty powstała w 1945r. Należała do powiatu morąskiego, ostródzkiego, morąskiego i obecnie do powiatu ostródzkiego.